Salud
Análisis de biopsias HER2
Sistema de visión artificial para analizar biopsias de cáncer de mama, desarrollado en una hackatón MedTech.
El desafío
Para el marcador HER2, el análisis de biopsias de cáncer de mama requiere contar y separar células en imágenes médicas de muy alta resolución. Los casos HER2-low son especialmente difíciles de clasificar.
La solución
Llevé un prototipo monolítico local a un sistema web interactivo y desacoplado (FastAPI + Streamlit), preparado para correr en contenedores Docker:
- Segmentación Watershed para el conteo y la separación celular, con medidas en micrómetros cuadrados (µm²).
- Índice de incertidumbre enfocado en los casos HER2-low, con asistencia Human-in-the-Loop: el sistema señala los casos dudosos para que los revise un profesional.
- Procesamiento por parches (tiling) de imágenes médicas de alta resolución (WSI).
- Interoperabilidad clínica bajo el estándar HL7 / FHIR.
Mi rol
Me ocupé de la solución técnica: el procesamiento de imágenes con OpenCV y Scikit-Image, la API en FastAPI, la interfaz en Streamlit y el empaquetado en Docker.
Resultado
El prototipo pasó de correr solo en una computadora local a ser una aplicación web desacoplada, con una demo publicada y lista para crecer hacia un entorno clínico.